ヨハン教会は「、最も日本宣教に成功した教会」と言われる一方で、「カルト化教会」とも言われてきた。内幕を語る人が少ないため、教会の内情が広く伝わらなかったきらいがある。ヨハン教会では筍長以上の夫婦の子どもの名前は、牧師か副牧師夫妻に決めてもらわなければならない。夫婦は10個程候補を考えて、その中から選んでもらう。全て却下されることもある。名付け親は韓国人宣教師なので、日本語では付けないような漢字だったり、語呂が悪かったりする。そのような名前をもらって、表面では感謝しながら、内心は嫌だと嘆いている夫婦もいる。納得出来なくて、自分達の付けたい名前を付けた夫婦は、強く叱られ、ずっと嫌味を言われる。ヨハン教会では命名権が奪われている。。ヨハン教会では、韓国式のしつけが推奨される。子どもは、一歳からドラムスティックやハンガー、靴べらで何度も激しく叩かれる。これは幼児虐待と見做される。それが出来ないと、ダメな親とみなされる。日曜の夜は、21時過ぎまで、リーダーの子ども達は放置される。子どもたちは、ゴミだらけの地下食堂で、遊んでいる。当然、月曜日は、子どもたちはみんな寝不足で、保育園でぐったりしている。平日、父親は仕事、母親は毎日婦人会の働きがあり、土日は両親共、一日中教会で、祝日もない生活を送る人もいる。全ての祝日に、聖書勉強会か、団体で出掛けるイベントが組まれているからだ。日本宣教と言う美名の下に、信者やリーダーたちは虐げられてきた。ヨハン教会の宣教の成果だけを見て、その実績を称賛してきた牧師たちが、この事実を知ってどう判断するだろうか。見たいものを見、見たくないことから目をそらしてきたのではないか。特に、ヨハン教会の成立前から深く関わってきた淀橋教会の峯野龍弘牧師には責任があるのではないか。また、日本福音同盟は加盟しているヨハン教会を退会させることができる立場にある。ヨハン教会の加盟継続がふさわしいかどうかを検討していただきたい。今後もヨハン教会が加盟を継続するなら、日本福音同盟の見識が疑われることになる。
日本福音同盟規約
第6条(加盟及び退会)
新しく加盟を希望する教会・教団・教派団体等は、本同盟の理事会に加盟の申し込みをし、理事会は必要な審査に基づき加盟の可否を決定する。会員が本同盟からの退会を希望する場合、理事会に退会届けを提出し、理事会は審議の上これを承認する。
また、会員が本同盟の信仰基準及び他の規約に違反して改めない場合、理事会は必要な調査と決議を経て、当該会員を退会させることができる。いずれの場合も総会に報告されなければならない。協力会員、及び賛助会員の加盟・退会もこれに準ずる。